A Potential SARS-CoV-2 Variant of Interest (VOI) Harboring Mutation E484K in the Spike Protein Was Identified within Lineage B 1 1 33 Circulating in Brazil

The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) epidemic in Brazil was dominated by two lineages designated as B.1.1.28 and B.1.1.33. The two SARS-CoV-2 variants harboring mutations at the receptor-binding domain of the Spike (S) protein, designated as lineages P.1 and P.2, evolved from lineage B.1.1.28 and are rapidly spreading in Brazil. Lineage P.1 is considered a Variant of Concern (VOC) because of the presence of multiple mutations in the S protein (including K417T, E484K, N501Y), while lineage P.2 only harbors mutation S:E484K and is considered a Variant of Interest (VOI). On the other hand, epidemiologically relevant B.1.1.33 deriving lineages have not been described so far. Here we report the identification of a new SARS-CoV-2 VOI within lineage B.1.1.33 that also harbors mutation S:E484K and was detected in Brazil between November 2020 and February 2021. This VOI displayed four non-synonymous lineage-defining mutations (NSP3:A1711V, NSP6:F36L, S:E484K, and NS7b:E33A) and was designated as lineage N.9. The VOI N.9 probably emerged in August 2020 and has spread across different Brazilian states from the Southeast, South, North, and Northeast regions.

Prevalência da infecção por Chlamydia Trachomatis e fatores associados em diferentes populações de ambos os sexos na cidade de Manaus / Prevalence of Chlamydia Trachomatis infections and associated risk factors in different populations of both gender in Manaus city

Introdução: a infecção por Chlamydia trachomatis (CT) é uma DST de alta prevalência no mundo e quando não diagnosticada pode, principalmente nas mulheres, progredir com seqüelas graves. No Brasil não se conhece com precisão o padrão de comportamento epidemiológico da infecção por CT. Objetivo: estimar prevalência e fatores associados à infecção por Chlamydia trachomatis em segmentos de população sexualmente ativa da cidade de Manaus. Métodos: durante 2004 e 2005 foi realizado estudo de corte seccional com 1732 pessoas (1007 mulheres e 755 homens) divididos em grupos de baixo risco ( 598 gestantes e 600 homens trabalhadores de indústrias) e de maior vulnerabilidade (409 mulheres e 155 homens em clínica de DST). Para o diagnóstico, empregou-se captura híbrida/DIGENE nas mulheres e PCR "Cobas Amplicor CT/NG/Roche" nos homens. Resultados: a prevalência global foi de 7,5%, em mulheres de 11,1% e nos homens de 2,8% (p = 0,000000). As taxas para gestantes e mulheres com DST foram de 11,9% e 10,0% (p = 0,36) e 3,0% e 1,9% para trabalhadores de indústrias e homens com DST (p = 0,65). Prevalências elevadas foram observadas nos adolescentes e nas gestantes (14,8%). Mulheres apresentaram risco de infecção quatro vezes maior do que os homens [ORprev. = 4,38 (IC 95% 2,66 - 7,26); p = 0,000000], a razão de prevalência (RP) foi 4 e a prevalência atribuível para mulheres foi de 8,3. Prevalência em mulheres com mais de um parceiro foi de 16,6% (42/253), superior àquelas que só tiveram um parceiro 9,3% (70/753 p = 0,001). O risco de infectar-se foi o dobro nas com mais de um parceiro [ORPrev.= 1,74 (OR 95% 1,26-2,99); p = 0,002]. Mulheres com parceiro portador de corrimento uretral representaram agravo [OR = 4,4 (IC 95% 2,15-9,21); p = 0,0000104]. A co-infecção com Neisseria gonorrhoeae ocorreu em 17,3%. Conclusão: a prevalência nas mulheres é intermediária (aproximadamente 10%) quando comparada com as taxas publicadas na literatura internacional.